La Academia Nacional de Medicina cumple 150 años de su gestación; el museo aunque trato de fundarse con la institución a través de colecciones de anatomía no prospero. Una de estas razones fue porque la Academia no tenía un domicilio propio y funcionaba en diferentes lugares, como la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional, el Museo se constituyó definitivamente hace 23 años con la Comisión de Museo a finales de 1999 y la apertura de la primera exposición temporal en el año 2001. El Museo ha tenido una actividad permanente desde su fundación haciendo hincapié en las exposiciones temporales que principalmente a girado en torno a temáticas de enfermedades particulares.