El Museo de Arte Moderno comienza sus actividades en febrero de 1963, bajo la dirección de Marta Traba. En 1969 Gloria Zea asume la dirección del Museo, el cual funcionó en la Universidad Nacional hasta 1970. Después de esto, el Museo tuvo una sede provisional en el Edificio Bavaria, y luego en el Planetario Distrital, La sede actual, diseñada por el arquitecto Rogelio Salmona, fue finalizada en 1985 y está ubicada en el centro cultural e histórico de la ciudad. El acontecer del Museo en los últimos años divide su historia: en abril de 2016 la escultora y gestora Claudia Hakim es nombrada por la Junta Directiva como nueva directora de la institución.