El 28 de julio de 1823, luego de la llegada a Bogotá de la comisión de científicos, el Congreso expidió la Ley de creación del Museo Nacional , denominado entonces Museo de Historia Natural y Escuela de Minería. Como primera sede se escogió la antigua Casa de la Expedición Botánica, también conocida como Casa de los Secuestros. El Museo Nacional, cuya apertura se celebró el 4 de julio de 1824, cuando el entonces Vicepresidente de la República, General Francisco de Paula Santander, declaró oficialmente creado el Museo, ocupando dos salas de la Casa Botánica, una destinada a las colecciones de zoología, mineralogía y botánica, y otra para los objetos de historia, ciencias y arte. Junto al establecimiento se instalaron un laboratorio químico, una sala de dibujo y una litografía. Un artículo de prensa de la época destacaba entre sus colecciones, además de los ejemplares de zoología e instrumentos científicos, las muestras minerales procedentes de distintos lugares de Europa y América.